Connexion à un serveur GA4GH WES
Connexion au serveur
Pour connecter IRIDA Next à un serveur GA4GH, vous devrez modifier votre fichier d'informations d'identification rails. Ce fichier est chiffré afin que les jetons secrets soient sécurisés.
Modifiez votre fichier d'informations d'identification de production avec la commande suivante.
EDITOR="vim --nofork" bin/rails credentials:edit --environment production
En savoir plus sur le fichier d'informations d'identification rails ici
Les champs suivants peuvent être définis.
ga4gh_wes:
server_url_endpoint: 'https://<une url de serveur>/wes/1.01/'
oauth_token: <un jeton oauth>
headers: { '<une clé d'en-tête>': '<une valeur d'en-tête>' }
Seul server_url_endpoint est requis par défaut, mais selon la configuration de votre serveur GA4GH WES, les autres champs peuvent également être requis.
server_url_endpoint : *Requis
Définissez le point de terminaison du serveur.
Lorsque cela est défini, assurez-vous d'inclure le point de terminaison complet. par ex. https://subdomain.domain.tld/wes/1.01/
Exemple : Si votre point de terminaison pour obtenir le chemin Service Info est localhost:1122/service-info, votre point de terminaison est localhost:1122
oauth_token : *Optionnel
Jeton Bearer pour OAuth 2.0
Si votre serveur GA4GH WES utilise OAuth 2.0 pour l'authentification, ce champ est requis.
headers : *Optionnel
Peut être utilisé pour définir de nouveaux en-têtes et remplacer les en-têtes de l'API REST existants.
Cela permet une authentification supplémentaire ou des paramètres de serveur pour votre déploiement spécifique de GA4GH WES.
Stockage des données
GA4GH WES et IRIDA Next doivent avoir un répertoire de données (ou un système de stockage cloud équivalent) auquel les deux services peuvent accéder.
Pour configurer votre service de stockage, consultez ce guide.
Nettoyage de l'exécution du flux de travail
IRIDA Next est conçu pour nettoyer les fichiers intermédiaires une fois qu'un flux de travail est terminé. Pour ce faire, il doit avoir la permission de supprimer les fichiers g énérés par GA4GH WES.
Les fichiers suivent cette structure.
storage_directory/
├── <un id de blob>/
| ├── <divers fichiers>
| ├── input/
| │ └── <divers fichiers générés par IRIDA Next>
| └── output/
| └── <divers fichiers générés par GA4GH WES>
├── <d'autres blobs>
Après qu'une exécution de flux de travail soit terminée, tous les fichiers du répertoire <un id de blob> doivent être supprimés. Si vous constatez que les fichiers <un id de blob>/output/ restent, vous devez donner au processus IRIDA Next la permission de supprimer les fichiers dans le stockage de fichiers.