Démarrage
Dans IRIDA Next, vous pouvez télécharger des données de plusieurs échantillons ou tous les fichiers associés à une exécution de flux de travail en une seule fois en créant une exportation de données.
Types d'exportation
Il existe trois types d'exportation dans IRIDA Next :
| Type d'exportation | Description |
|---|---|
| Échantillon | Permet aux utilisateurs de sélectionner n'importe quel nombre d'échantillons appartenant à un groupe ou à un projet et de télécharger tous les fichiers associés. |
| Liste linéaire | Permet aux utilisateurs de sélectionner n'importe quel nombre d'échantillons appartenant à un groupe ou à un projet et de télécharger toutes les métadonnées associées. |
| Analyse | Permet aux utilisateurs de télécharger tous les fichiers associés à une exécution de flux de travail. |
Exigences
Les éléments suivants sont requis pour créer une exportation :
- Exportation d'échantillon
- Projet ayant au moins un échantillon associé, et des fichiers téléversés vers l'échantillon.
- Au moins le rôle Analyste pour le projet ou le groupe contenant les échantillons à exporter.
- Exportation de liste linéaire
- Projet ayant au moins un échantillon associé contenant des métadonnées.
- Au moins le rôle Analyste pour le projet ou le groupe contenant les échantillons à exporter.
- Exportation d'analyse
- Exécution de flux de travail utilisateur
- Une exécution de flux de travail utilisateur dans l'état terminé.
- Exécution de flux de travail automatisée
- Projet ayant au moins une exécution de flux de travail automatisée dans l'état terminé.
- Au moins le rôle Analyste pour le projet contenant l'exécution de flux de travail automatisée.
- Exécution de flux de travail utilisateur
Contenu de l'exportation
Les exportations permettent aux utilisateurs de télécharger leurs données depuis IRIDA Next en un seul clic. Suivez ces étapes pour apprendre à travailler avec les exportations.
Exportations d'échantillon et d'analyse :
- Les fichiers sont ajoutés à un seul dossier compressé. En plus des fichiers exportés sélectionnés par l'utilisateur, trois fichiers supplémentaires sont inclus :
- Chaque exportation inclut un fichier manifest.json et manifest.txt qui contient un aperçu de ce qui est inclus dans l'exportation.
- Chaque exportation d'analyse inclut un fichier summary.txt.gz qui contient le résumé du pipeline.
Exportations de liste linéaire :
- Le contenu de l'exportation sera contenu dans un seul fichier du format choisi (.csv ou .xlsx).
Statuts d'exportation
Les exportations auront soit un statut En traitement ou Prêt qui leur est attribué.
- Lorsqu'une exportation est En traitement, IRIDA Next est en train de créer votre exportation et, par conséquent, votre exportation n'est pas disponible pour téléchargement.
- Une fois que le statut de l'exportation est Prêt, l'exportation est prête à être téléchargée. Un aperçu du contenu de l'exportation pour les exportations d'échantillon et d'analyse est également visible sur IRIDA Next une fois que le statut de l'exportation est Prêt.
Une fois que le statut de l'exportation est défini sur Prêt, vous aurez 3 jours ouvrables pour télécharger l'exportation avant qu'elle ne soit automatiquement supprimée. Vous pouvez choisir de recevoir un courriel lors de la création de l'exportation pour vous assurer de ne pas manquer la fenêtre de téléchargement.